Neue Multiplex Gene Expression HD2 12x135K Microarrays von Roche NimbleGen

Hoch-Durchsatz Expression kompletter Genome mit großer Bandbreite von verschiedenen Organismen
(PresseBox) (Madison, ) Roche NimbleGen hat den NimbleGen Gene Expression 12x135K Microarray, einen neuen Multiplex Genexpressionsarray, für die erst seit kurzem erhältliche HD2 Plattform auf den Markt gebracht. Das 12-plex Format bietet Hochdurchsatz für das Genexpressionsprofiling kompletter Genome auf kostengünstigem Niveau. 12 verschiedene Proben können gleichzeitig auf einem Slide analysiert werden. Mittels Oligonukleotidprobes kann das komplette Transkriptom abgedeckt werden. Wie die 385K und 4x72K NimbleGen Microarrays, verfügen die neuen 12x135K Arrays über eine hohe Spezifität, hohe Sensitivität und ausgezeichnete Reproduzierbarkeit. Insgesamt sind acht eukaryontische Designs erhältlich (Human, Maus, Ratte, A. Thaliana, C. elegans, D. melanogaster, S. cerevisiae und S. pombe), die alle auf den neuesten Erkenntnissen der kompletten Genome basieren. Für das Studium von Organismen mit neu sequenzierten Genomen bietet Roche NimbleGen die Möglichkeit eines kostengünstigen, maßgeschneiderten Designs.

John Colbourne, Direktor Genomics am Center for Genomics and Bioinformatics der Universität von Indiana, hat den HD2 12x135K Array verwendet, um zu untersuchen wie sich Umweltstress auf die Population des Süßwasserkrebses Daphnia auswirkt: "Wir beginnen mit der Validierung der aktuellen Gen-Liste und der Verbesserung der Gen-Strukturmodelle mit Hilfe der NimbleGen Expressionsarrays. Die experimentellen Ergebnisse beschreiben die transkribierten Bereiche des Genoms besser und geben die Struktur für ein umfassendes Probe Set für den 12-plex vor." Mit den 135.000 Probes in jedem Segment des 12-plex Array konnte Colbournes Gruppe 3 Probes für jedes bekannte Gen und ein Probe für jedes transkribierte Gen herstellen. "Insgesamt befinden sich 40% der verwendeten Probe-Sequenzen in nicht-annotierten Bereichen. Wir rechnen damit, dass unsere Transkriptions-Profiling-Experimente die Co-Regulation aller identifizierten Gene und viele noch unbekannte Gene unter einer Vielzahl von Bedingungen erkennen, während gleichzeitig die Genomannotation verbessert wird."

Die 12x135K Arrays unterscheiden sich vor allem durch ihre flexiblen, maßgefertigten Strukturen und die hohe Qualität der Genexpressionsdaten. Das Multiplexformat ermöglicht kostengünstiges Arbeiten ohne Kompromisse in der Datenqualität. Licia Selleri, Professorin der Medizinischen Fakultät der Cornell Universität bestätigt, dass "der Einsatz des NimbleGen 12-plex Genexppressionsmicroarrays Vorteile mit sich bringt und zudem genauer ist als andere Plattformen, da er die parallele Analyse von Proben des gleichen oder von unterschiedlichen Spendern auf dem gleichen Array erlaubt." Selleri untersucht den Beitrag humaner Proto-Onkogene zur Entwicklung mit Fokus auf die biologischen Funktionen von Pbx1, einem Homeobox-Domänen-Protein, das ursprünglich als Produkt eines Onkogens bei Kinderleukämie identifiziert wurde. In ihrem Labor wird mit einer Reihe von genetischen Ansätzen gearbeitet, um die Lücke zwischen Genidentifizierung und Genfunktionsanalyse zu schließen. Sie begrüßt die einfache Handhabung der 12x135K Arrays und die leichte Datenauswertung. "Die Array Hybridisierung ist relativ einfach. Die Analyse der Ergebnisse ist benutzerfreundlich und erfordert kein großes Informatikspezialwissen, " so Selleri.

Die Forschergemeinschaft hat das Potential der Roche NimbleGen Microarray Technologie schnell erkannt. Die Arrays werden bereits für eine Vielzahl von Anwendungen genutzt, z.B. für die Untersuchung von Genexpressionslevels und deren Verhältnis zu multiplen Signal Pathways in Gewebe und Zellen. Wissenschaftler schätzen auch die Flexibilität des Systems bei der Identifizierung von Faktoren, die eine Rolle spielen bei der Gewebedifferenzierung und um verschiedene Genexpressionsmuster bei nahverwandten Spezies zu bewerten. Weiteres Anwendungspotential steckt z.B. in Genexpressionsstudien im Bereich Krebs- und Stammzellenforschung, Zelldifferenzierung, Drogentest, Umweltuntersuchungen und Lebensmittelkontrollen.

"Der 12x135K Array ist ein wichtiger Bestandteil beim Hochdurchsatz-genexpressionsprofiling", so Gerd Maas, Präsident und CEO von Roche NimbleGen. "Kombiniert mit kundenspezifischen Designoptionen und einer hohen Probedichte kann mit diesen Arrays eine bequeme und genaue Analyse einer großen Zahl von Organismen durchgeführt werden, vom einfachsten Bakterium bis zu komplexen Säugetieren und Pflanzen. Diese Arrays werden die Genomik beschleunigen und unser Ziel, innovative Lösungen für schnellere und genauere Ergebnisse zu präsentieren, unterstützen."

Roche NimbleGen ist ein führender Entwickler, Hersteller und Anbieter von DNA Microrarrays, Verbrauchsmaterialien, Instrumenten und Dienstleistungen. Die Firma produziert exklusiv Arrays langer Oligo Probes mit hoher Dichte, die eine große Datenmenge in hervorragender Qualität liefern, so wie sie für die Untersuchung der Vielfalt an genomischer und epigenomischer Varianten benötigt werden. Die verbesserte Leistung wird durch die geschützte Roche NimbleGen Maskless Array Synthesis (MAS) Technologie ermöglicht. Diese nutzt digitale Lichtverarbeitung und schnelle Photochemie auf höchstem Niveau, um lange Oligo DNA Microarrays bei hoher Dichte mit großer Flexibilität zu synthetisieren. Für mehr Informationen zu Roche NimbleGen besuchen Sie bitte www.nimblegen.com

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