Roche NimbleGen: Revolutionäre SeqCap-Technologie jetzt auch für das eigene Forschungslabor erhältlich

Microarrays beschleunigen Sequenzierung durch Anreicherung genomischer DNA-Zielregionen
(PresseBox) (Madison, ) Seit Anfang dieses Jahres bietet Roche NimbleGen seine SeqCap-Technologie als wegweisende Technik zur Anreicherung genomischer Regionen für die Hoch-Durchsatz-Sequenzierung an. Anfangs als Dienstleistung, ist die SeqCap-Technologie jetzt auch als Produkt für die Anwendung im eigenen Labor erhältlich. Roche NimbleGen liefert den für die jeweilige Anwendung massgeschneiderten Microarray mit allen notwendigen Instrumenten, Reagenzien und Verbrauchsmaterialien. Der Forscher führt dann sein Experiment durch - nach eigenem Zeitplan und gemäß einer für humane und Mausproben validierten Anwendungsvorschrift. Die schnelle Gewinnung der Zielsequenzen erlaubt eine schnelle Sequenzierung mit Systemen wie dem Genome Sequencer FLX System. Die selektive Anreicherung der Ziel-DNA mit dem anwendungsspezifisch gefertigten High-density Oligonucleotid-Microarray - er umfasst 385.000 Sonden - ist eine effiziente Alternative zu PCR-basierten Methoden, insbesondere unter Berücksichtigung von Zeitersparnis, Kosten und Skalierbarkeit. Bis zu 5 Mb zusammenhängender oder nicht zusammenhängender genomischer Sequenz können mit einem einzelnen Array angereichert werden.

Am High-Throughput Sequencing Solutions Lab der Washington University in Seattle (USA) werden die SeqCap-Arrays mit sehr gutem Erfolg verwendet. "Die NimbleGen Arrays und Protokolle sind einfach in der Anwendung, die erfolgreiche Anreicherung wird mit ihnen zur Routine", erläutert Michael Dorschner, Direktor der Einrichtung. Er schätzt auch die für das System entwickelte Qualitätskontrolle. "Sie beinhaltet nicht nur eine zuverlässige Ausrüstung zur spezifischen Elution der Templates, sondern auch eine qPCR-basierte Methode zur Bestimmung des Anreicherungsgrads." Geprüfte Instrumente und Kits (separat erhältlich) sind notwendig, um korrekte und reproduzierbare Ergebnisse mit den Arrays zu erzielen. Zum Beispiel erleichtert das NimbleGen System die Elution der gebundenen DNA vom Array, ein entscheidender Schritt im Arbeitsablauf des Anreichungsvorgangs. Die Kosten für die Arrays und Zubehör stellen sich lt. Dorschner im Vergleich zu älteren Methoden vorteilhaft dar. "Die Roche NimbleGen SeqCap-Technologie bietet eine kostengünstige Alternative zur PCR für die Anreicherung genomischer Zielsequenzen. Dies erleichtert groß angelegte Resequenzierungsprojekte und die Entwicklung von sequenzierungsbasierten Untersuchungen der nächsten Generation."

Die Nutzung von SeqCap-Arrays beseitigt nicht nur einen wesentlichen Engpass in der DNA-Sequenzierung, die Isolation der genomischen Zielregion, es verstärkt zusätzlich die Vorteile moderner Sequenzierungstechnologien. Die Arrays ergänzen perfekt die langen Leseweiten der Technologie des 454 Sequencing Systeme und ermöglichen so ein Haplotyping und die Identifizierung von Genvarianten, wie z. B. Insertionen, Deletionen und SNPs bis zur Länge einzelner Basenpaare. Erfasste DNA-Fragmente können unmittelbar für die Herstellung von 454 System Library Preparation zur Verwendung in der Sequenzierung genutzt werden. "Das Roche NimbleGen SeqCap-System hat die gezielte Sequenzierung bestimmter Genregionen revolutioniert," sagt Lynne Nazareth, Dozentin am Baylor Human Genome Sequencing Center in Houston (USA). Ihrer Meinung nach bietet das System den Wissenschaftlern eine hervorragende Möglichkeit zur schnellen Ermittlung von genetischen Sequenzen, insbesondere in Kombination mit modernen Sequenziermethoden. "Wir haben die Anreicherungstechnik erfolgreich zur Gewinnung spezifischer Gene genutzt. Aus unserer Sicht ist das System nutzerfreundlich und kostengünstig und macht dadurch Resequenzierungsprojekte einfacher."

Roche NimbleGen entwickelt derzeit Protokolle, die die direkte Zugabe von 454 Adaptern in den Anreicherungssprozess erlauben - das Erstellen von 454 Libraries wird dadurch unnötig. Ziel ist es den Forschern die Möglichkeit eines praktisch unterbrechungsfreien Arbeitsablaufs von der selektiven Anreicherung bis zur gezielten Sequenzierung zu bieten - im eigenen Labor, am eigenen Arbeitsplatz, nach eigenem Terminplan.

Roche NimbleGen ist ein führender Entwickler, Hersteller und Anbieter von DNA Microrarrays, Verbrauchsmaterialien, Instrumenten und Dienstleistungen. Die Firma produziert exklusiv Arrays langer Oligo Probes mit hoher Dichte, die eine große Datenmenge in hervorragender Qualität liefern, so wie sie für die Untersuchung der Vielfalt an genomischen und epigenomischen Varianten benötigt werden. Die verbesserte Leistung wird durch die geschützte Roche NimbleGen Maskless Array Synthesis (MAS) Technologie ermöglicht. Diese nutzt digitale Lichtverarbeitung und schnelle Photochemie auf höchstem Niveau, um lange Oligo DNA Microarrays bei hoher Dichte mit großer Flexibilität zu synthetisieren. Für mehr Informationen zu Roche NimbleGen besuchen Sie bitte www.nimblegen.com .

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