Zweihundertfünfzig Peer-Review-Publikation belegen den Erfolg des 454-Sequencings

Das 454-Genome-Sequencer-System beschleunigt das Tempo in vielen Forschungsgebieten
(PresseBox) (Mannheim, ) 454 Life Sciences, eine Tochterfirma von Roche, gab heute die 250. in einer Peer-Review-Zeitschrift veröffentlichte Studie bekannt, die mit Hilfe des Genome Sequencer-Systems durchgeführt wurde. Wissenschaftler nutzen die hohe Genauigkeit und die langen Leseweiten des Genome Sequencer-FLX-Systems zur schnellen Generierung von hochqualitativen Ergebnissen mit wissenschaftlicher Relevanz. Diese Ergebnisse führen zu wegweisenden Publikationen und haben die 454-Sequenzierung zur Next Generation-Sequenzierungstechnologie mit der schnellsten Publikationsrate gemacht, mit insgesamt über 80 Publikationen im zweiten und dritten Quartal dieses Jahres.

Die Studien umfassen ein breites Spektrum von Sequenzierungsanwendungen: 82 Veröffentlichungen, die sich mit der Sequenzierung kompletter Genome beschäftigten, 54 Studien zu Small RNAs, 37 Artikel im schnell wachsenden Feld der Metagenomik, 27 Studien, die sich mit Transkriptom-Profiling, einschließlich Transkriptom-Assemblierung und Expression Profiling beschäftigten, 13 Studien, die Chromosomenstruktur und epigenetische Phänomene untersuchten, 10 Studien im neuen Gebiet der Ultradeep-Sequenzierung, sowie 11 Studien, die antike DNA untersuchten. Die restlichen Veröffentlichungen behandelten die Technologie und Datenverarbeitung des 454 Sequencing Systems. Die Bandbreite der Anwendungen verdeutlicht, wie wertvoll das System für die Bearbeitung wichtiger Forschungsbereiche ist, auch für Bereiche, die bisher nicht mit Sequenzierungstechniken bearbeitet werden konnten.

Die 250 in Peer-Review-Zeitschriften veröffentlichten Artikel dokumentieren wegweisende Forschung - viele der Studien erschienen in den hochrangigsten Zeitschriften: 20 Artikel erschienen in Nature, 13 in Science, 6 in Cell, 20 in Genome Research und 24 in Proceedings of the National Academy of Sciences, USA (PNAS). Die bisher veröffentlichten Studien kommen aus so unterschiedlichen Bereichen wie Krebsforschung, Infektiologie, Wirkstoffsuche, Meeresbiologie, Anthropologie und Paläontologie. Die 250 Veröffentlichungen werden ergänzt von zahlreichen Übersichtsartikeln, die sich mit der aktuellen Anwendung und dem Zukunftspotenzial des 454 Sequencings beschäftigen.

Mit mehreren wichtigen Publikationen innerhalb einer Woche hat sich die Zahl nun auf über 250 erhöht. Zwei der neuen Studien unterstreichen die Leistungsfähigkeit des Genome Sequencer FLX-Systems bei der Charakterisierung der genetischen Variabilität in einer krankheitsassoziierten DNA-Region beziehungsweise bei der Identifizierung seltener somatischer Mutationen in Krebsproben. Die erste Studie mit dem Titel "Comprehensive resequence analysis of a 136 kb region of human chromosome 8q24 associated with prostate and colon cancers" wurde von Forschern am National Cancer Institute (USA) durchgeführt, die eine gewöhnliche Shotgun-Sequenzierung der sie interessierenden genomischen Region anwandten, um krebsassoziierte heterozygote Varianten zu identifizieren. Die zweite Studie mit dem Titel "Subclonal phylogenetic structures in cancer revealed by ultra-deep sequencing" wurde am Wellcome Trust Sanger Institute (GB) durchgeführt. Die Forscher benutzten die ultratiefe 454-Amplikon-Sequenzierung zum Nachweis von unbekannten, seltenen Varianten (SNPs, Insertionen, Deletionen) im Genlokus für die Immunglobulinketten von verschiedenen Versuchpersonene mit chronischem B-Zell-Lymphom. Die genauen Literaturangaben für diese beiden und die anderen Studien finden Sie unter www.genome-sequencing.com.

Das 454 Sequenziersystem ermöglicht nicht nur die Anwendung der Genomanalyse in vielen neuen Forschungsbereichen, sondern beschleunigt auch das Tempo, mit dem neue Entdeckungen gemacht werden. Die Experimente und Auswertungen nehmen zusammen mit dem Schreiben und Einreichen einer Peer-Review-Publikation mit konventionellen Technologien oft mehr als ein Jahr in Anspruch. Das Tempo, mit dem Forscher ihre mit dem Genome-Sequencer-System erzielten Ergebnisse publiziert haben, zeigt die hohe Datenqualität und leichte Auswertbarkeit der Ergebnisse der 454-Sequenzierung.

"Die Schnelligkeit, mit der wir unsere 250. Peer-Review-Publikation erreicht haben, zeigt, wie einfach Forscher die 454-Sequenzdaten auswerten und biologisch relevante Schlussfolgerungen ziehen können", erklärte Christopher McLeod, Präsident und Geschäftsführer von 454 Life Sciences. "Die Kombination der durch 454 Life Science möglichen langen, hochqualitativen Leseweiten mit einfach anzuwendenden Analyseprogrammen ermöglicht unseren Kunden, sich auf die Wissenschaft und nicht auf die Technologie zu konzentrieren. Projekte können schnell abgeschlossen und neue Forschungsrichtungen können eingeschlagen werden."

454 Life Sciences, ein Center of Excellence von Roche Applied Science, entwickelt und vermarktet das innovative 454-Sequenzierungssystem für die ultraschnelle Hochdurchsatz-DNA-Sequenzierung. Spezifische Anwendungsfelder der Technik sind zum Beispiel die De-novo-Sequenzierung und Resequenzierung von Genomen, Metagenomik, RNA-Analyse und die gezielte Sequenzierung bestimmter DNA-Bereiche. Das 454-Sequenziersystem zeichnet sich durch eine einfache, unvoreingenommene Probenvorbereitung und lange, präzise Leseweiten, auch bei Paired-Read-Sequenzierung, aus. Mit Hilfe der 454-Sequenziertechnologie sind viele in Peer-Review-Zeitschriften veröffentlichte Studien durchgeführt worden, in so unterschiedlichen Bereichen wie Krebsforschung, Infektiologie, Wirkstoffsuche, Meeresbiologie, Anthropologie, Paläontologie und vielen anderen. Weitere Informationen finden Sie auf http://www.genome-sequencing.com.

454, 454 LIFE SCIENCES, 454 SEQUENCING und GS FLX TITANIUM sind Marken von Roche.

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