Erasmus Medical Center der Universität Rotterdam setzt automatisches Genanreicherungssystem von Roche NimbleGen und Caliper Life Sciences für eine Exomstudie mit 3000 Proben ein

(PresseBox) (Madison, Wisconsin (USA), ) Das Genetiklabor des Instituts für Innere Medizin des Erasmus Medical Center der Universität Rotterdam (Niederlande) wird das automatische Genanreicherungssystem von Roche (SIX: RO, ROG; OTCQX: RHHBY) und Caliper Life Sciences einsetzen. Diese optimierte Produktlösung wird in einer neuen Phase der sogenannten Rotterdam-Studie, einer großen epidemiologischen Kohortenstudie, eingesetzt, um die Genanreicherung zur Next-Generation-Sequenzierung von mehr als 3000 Proben zu automatisieren.

Die Rotterdam-Studie ist eine prospektive, monozentrische, bevölkerungsbezogene Kohortenstudie in einem Vorort von Rotterdam, bei der 15000 Teilnehmer ab 45 Jahren seit 1990 beobachtet werden. Ziel der Studie, die vom Institut für Epidemiologie des Erasmus Medical Center der Universität Rotterdam (Erasmus MC) geleitet wird, ist die Beschreibung und Analyse altersbedingter Erkrankungen und der sie begünstigenden Risikofaktoren. Bis heute sind aus der Studie mehr als 1000 wissenschaftliche Artikel in Peer-Review-Zeitschriften sowie mehr als 100 Doktorarbeiten entstanden.

Ein Hauptziel der Rotterdam-Studie ist die Identifizierung genetischer Risikofaktoren für altersbedingte Erkrankungen wie Osteoporose, Herz-Kreislauf-Erkrankungen, die Alzheimer-Krankheit und Diabetes Typ 2. Zur Verarbeitung der enormen Datenmengen der genomweiten Assoziationsstudie (GWAS) wurde im Jahr 2007 vom Genetiklabor des Instituts für Innere Medizin eine Datenbank eingerichtet. Jetzt möchte das Team des Erasmus MC mit einem automatischen System zur Probenvorbereitung und Exomsequenzierung, das aus dem Exom-Anreicherungs-Produkt NimbleGen SeqCap EZ Exome Library von Roche und der Sciclone NGS Workstation von Caliper Life Sciences besteht, noch mehr Daten erheben. Durch die Implementierung dieses optimierten automatischen Systems mit Multiplex-Protokollen für Genanreicherung und Sequenzierung wird ein Abschluss dieser Phase des Projekts in den nächsten 3 4 Monaten erwartet. In dieser Zeit sollen 3000 Proben verarbeitet und sequenziert werden.

"Das automatische Genanreicherungssystem von Roche war in unserem Fall die am besten geeignete Lösung zur Analyse dieser sehr großen Zahl von DNA-Proben", sagte Prof. Uitterlinden, Leiter des Genetiklabors. "Die von uns in den letzten Jahren im Rahmen der Rotterdam-Studie erstellte Datenbank wird durch diese Arbeit eine deutlich höhere genetische Auflösung erhalten. Wir hoffen, dass dies zu neuen aufregenden Entdeckungen im komplexen Bereich der Genetik führen wird."

Diese Exomsequenzierungsstudie wird in Kooperation mit den anderen Mitgliedern des CHARGE-Konsortiums durchgeführt, die mit ihren jeweiligen Kohorten ähnliche Studien durchführen. Die Studie ist Teil des von der NGI unterstützen Netherlands Consortium for Healthy Ageing (NCHA; www.healthy_ageing.nl). Die Auswertung der ersten Daten soll im Herbst 2011 beginnen.

"Wir freuen uns sehr, dass unsere Technologien jetzt in der Rotterdam-Studie verwendet werden", sagte Frank Pitzer, Geschäftsführer von Roche NimbleGen. "Mit dieser Kohorte wurden bedeutende Erkenntnisse über altersbedingte Krankheiten gewonnen und wir fühlen uns geehrt, dass unsere Technologie in einer so umfassenden und gut organisierten Studie eingesetzt wird."

Weitere Informationen über Roche NimbleGen finden Sie im Internet unter www.nimblegen.com

Über Erasmus MC, die Universitätsklinik Rotterdam

Erasmus MC ist die größte und renommierteste Universitätsklinik der Niederlande. Fast 13000 Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter sind in den Hauptbereichen Patientenbetreuung, Ausbildung und Forschung beschäftigt und bemühen sich um die kontinuierliche Verbesserung und den Ausbau der Pflege des einzelnen Patienten sowie der sozialen Gesundheitsdienstleistungen. Sie entwickeln hochwertiges Fachwissen, geben dieses an die jüngere Generation weiter und wenden es täglich in der Arbeit mit Patienten an. In den nächsten fünf Jahren will das Erasmus MC zu einem der führenden medizinischen Institute der Welt werden. Das Erasmus MC ist Mitglied der Niederländischen Vereinigung von Universitätskliniken NFU: www.nfu.nl. Für weitere Informationen: www.erasmusmc.nl.

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